2007년부터 국립공원입장료 폐지에 따른 국립공원 훼손 우려와 야생동식물 보호를 위해
2007년 1월 15일부터 2026년까지 20년 동안 출입을 엄격히 통제하는 '국립공원특별보호구' 제도를 시행하게 됐다.
특별보호구역은 국립공원 내 보호가치가 높거나 인위적, 자연적 훼손으로부터
보호 필요성이 있는 야생동물 서식지 등 주요자원 보호를 위해 일반인의 출입이 금지되고,
보호시설 설치와 주기적 생태계 변화관찰 등 체계적이고 집중적인 관리를 받게 된다.
세석평전, 제석봉 구상나무 복원지, 노고단 정상부, 연하천 주목군락지, 반야봉~쟁기소 등 총 지리산 내 총 21개소의 특별보호구역이 지정되어 있다.